深渊潜航者是海底关卡的首领boss，不仅有着多种不同的攻击方式，还能召唤各式各样的寄生船员协助战斗，加上海底关卡的氧气限制，玩家想要击败它，难度不是一般的大。为了顺利的通过这关，拿到最后的魔法石，了解与深渊潜航者的作战方式就极为重要。

由于深渊潜航者上面搭载了一个重型机炮，所以它可以在场中生成大量的弹幕，弹幕密集程度与巨像祖蓝有的一拼，如果没有把握快速将其击败，建议还是提前装备上一把近战武器，利用近战武器来消除周围弹幕，如果有红武盾牌的话，战斗难度会直线降低。在深渊潜航者移动的路径上会生成氧气，当角色氧气值即将消耗殆尽时，可以凭借着这种方法来进行回复，从而避免受到环境的攻击。

在深渊潜航者进入愤怒状态后，会在尾部生成大量的泡泡子弹，如果在这个时候去收集氧气，角色本身也会受到一定的伤害，所以建议等待漂浮气泡区出现，再去恢复氧气。在完成第一轮扫射之后，深渊潜航者会用声呐扫描玩家，在此期间，场中会出现红光警示，角色则会陷入疲劳状态，并在脚下不断生成红色标记。短暂延迟后，标记点会受到水雷的轰炸，由于角色受到了疲劳的减速影响，所以很难进行躲避，必须要在标记出现的第一时间进行移动，不然就会在这一轮内受到大量伤害。

在深渊潜航者所处的房间当中，中央位置和四角连线上都有会固定生成岩石阻碍和若干个箱子，箱子会被boss的弹幕所摧毁，而岩石不会，在危险的时候可以借助这些障碍来规避弹幕，效果远比走位要来得好。