在完成主线任务第二场梦后，玩家即可解锁战甲的移魂能力，让指挥官从战甲中脱离出来。后续完成内战任务后，指挥官还会解锁专精学派系统，并获取特殊的能力。学派中的技能大多需要专精点数的支持，但指挥官自带的三种能力却可以在战斗过程中随意使用。

虚空射线是指挥官唯一的一个主动攻击技能，在指挥官模式下点击射击按钮，指挥官就会用手中的增幅器进行射击，对目标造成一定的虚空伤害。虚空射线的伤害取决于增幅器，初始状态下的微尘增幅器一次只能造成2000点伤害，但后续随着增幅器的更改，虚空射线的伤害数值，攻击方式也都会产生一定的改变，是对抗夜灵使的重要能力。在指挥官状态下按住蹲下按钮，即可释放指挥官的另一个能力，虚空模式，虚空模式下的指挥官会进入到另一个位面当中，本体呈现为虚化状态。在该状态下，敌人和感应器无法侦查到指挥官，同时指挥官也不会受到任何的伤害，有点类似于灵薄狱的位面转移，只不过要更为霸道一些。

在虚空模式下，指挥官会持续消耗能量，当能量耗尽之后，自身会强制退出该模式。在虚空模式下点击跳跃按钮，指挥官即可使用自己的最后一种能力，虚空弹射。这是一种位移技能，可以在场景中高速移动，初始状态下每次弹射可以移动十五米，通过长按空格键可以提高移动距离，至多增加到40米。每次虚空弹射的使用均需要消耗指挥官25点能量，但每命中一个敌人，就可以为自身回复10点能量，在场中敌人数量较多的时候可以无视消耗连续使用，从而达到快速移动的目的。