军师是一种与红颜，神兽类似的特殊存在，玩家可以通过获取军师来提高全队武将的基础属性，从而进一步提高最终战力。除此之外，游戏内还有着兵法的设定，玩家可以通过给军师搭配兵法，让其在战斗中享受不一样的增益。

军师的获取需要消耗军师碎片，在军师碎片达到一定数量之后即可合成为指定军师。获取军师之后，玩家就可以通过消耗兵书残卷和兵阵图来对其进行培养了，随着培养的持续进行，军师就会自动进阶，从而解锁自身天赋，为我方上阵武将提供各个方面的属性加成，这些加成可以常驻存在，军师本人不需要上场。所以不管获得的军师技能是否强力，对他的培养都是不能忽视的，升星的天赋加成，对团队整体战力而言都是实打实的正面提升。

在凌云阁当中，玩家还可以通过激活军师的特权，从而额外得到对方提供的加成效果。这些加成效果不一定都是战斗内的加成，还有些可以提供战场外的特权，以诸葛亮为例，他的军师特权经韬纬略就是提高玩家在洛阳之变中，幸运转盘，幸运答题以及幸运猜拳的奖励。虽然对战斗没有帮助，却可以提高我们收获资源的数量，在某些情况下表现更加出色。如果同时激活了数个军师的特权，有些特权还会自动组合，从而享受到额外的加成，诸葛亮和周瑜，司马懿和田丰，法正和鲁肃都符合此列。