洞穴会有地震、梦魇循环和酸雨等机制，在森林中表现是降雨，在地下表现是酸雨，除了玩家会受到潮湿值增加，生物也会受到影响，如果生物处于在暗影伞下，那么也不会受到酸雨的影响。承受酸雨的侵袭身上会冒出黄色的烟雾，主要表现在攻击伤害和受到的物伤、速度三个方面，地下的动物兔人猴子、发条怪物攻击伤害和速度会增强0.85倍，但是受到的物理伤害也会增加。

作为背包使用的哈奇也会受到雨水的影响，影响会和蜘蛛一样，攻击伤害会提高1.5倍，其中喷吐蜘蛛在战斗中只会使用远程攻击，不会再靠近目标使用普攻。蝙蝠受到的伤害不会有变化，对玩家造成的伤害和速度反倒增强，外观上眼睛会从红色变成黄色，同时也不会有睡眠行为，地上的硝石会被拾取吃掉，而且还会打掉玩家和哈奇身上的硝石。狂暴类的怪物洞穴蠕虫、暗影穴居猴和沼泽地带出现的触手，出伤和受伤、速度上都会得到较大的增加。

生命极高的石虾体型有大小变化，越大的行走速度会越慢，因为生命高击杀掉落只会得到石头，所以不推荐击杀，通常是用元素食物来雇佣，每一次的有效雇佣时间会是三分钟，最多能够存在两天半，是地下很好的帮手，能够碾压发条生物，但是掉落的铥矿和宝石会被它们吃掉，而且也无法跟织影者作战。受到酸雨后会使得它们的血量和攻击都会降低，只能维持最小的体型。